В ПЛР-лабораторії використовуються реактиви для виділення нуклеїнової кислоти (пробопідготовка) та детекції генів-мішеней (ампліфікація).
Щоб правильно підібрати реактиви для ПЛР-лабораторії потрібно відповісти на декілька запитань:
Яку нуклеїнову кислоту будемо виділяти?
З якого біоматеріалу виділяти?
Яку методику виділення обрати?
Який потік дослідження планується в лабораторії?
Який асортимент досліджень виконувати?
Чи відповідають реактиви обладнанню?
Розглянемо ці запитання детальніше.
Як вибрати реактиви для виділення нуклеїнової кислоти?
Відомо два види НК – РНК та ДНК. Кожен організм має властиву йому НК в якій є мішень, яку будуть ідентифікувати. Нуклеїнову кислоту потрібно виділяти з біологічного матеріалу в якому локалізований патогенний агент.
Реагенти мають бути призначені для виділення з конкретного біоматеріалу.
Наприклад, вірус папіломи висококанцерогенного ризику можна виявити зішкребу урогенітального тракту, але не можливо його виявити в крові.
Також важливо врахувати переваги та недоліки кожного методу виявлення.
(детальніше про це в таблиці)
Наступним важливим питанням є потік досліджень.
Кількість досліджень при виборі способу виділення економить час та ресурс лабораторії.
При великому потоці використовують автоматичне виділення за допомогою станцій екстракції НК. В них є фіксована кількість зразків (32 та 96).
При малому чи середньому потоці використовують ручне виділення.
Часто поєднують два способи, щоб збільшити швидкість роботи лабораторії
Як підійти до вибору реактивів для ампліфікації?
При виборі асортименту досліджень потрібно звернути увагу на тест-системи виробника. В кожного з них є тест-системи, які не мають аналогів у інших.
Також на цьому етапі варто зрозуміти, яке додаткове обладнання та розхідні матеріали будуть необхідні для приготування та зберігання тест-систем.
Часто можна стикнутися з проблемою, що ампліфікатор не підходить для деяких тест-систем. Важливо орієнтуватися на тип ампліфікатора (роторний чи планшетний). Зазвичай виробник вказує формат тест-систем та апарат для якого вона підходить.
Від чого залежить ціна наборів та як зекономити?
Ціни на тест-системи залежать від чутливості набору та методу аналізу.
Для кількісного дорожчі, ніж для якісного. Деякі тест-системи не мають фасування по окремих пробірках. Це створює додаткові витрати для лабораторії на розхідні матеріали.
А зекономити можливо завдяки використанню мультикомплексних наборів. Такі набори в одній пробірці можуть визначати до 3 діагностичних мішеней.
Які бувають реакційні суміші для ПЛР досліджень та які між ними відмінності?
Реакційні суміші в яких всі елементи розфасовані окремо потребують зберігання при низьких температурах (-18 – -20°C), багаторазове розморожування призводить до денатурації ферментів. Такі суміші потребують великої кількості додаткових матеріалів (пробірок, носиків, дозаторів, центрифуг). Також неправильна пропорція змішування призводить до отримання недостовірних результатів.
Частково готова реакційна суміш потребує додаткового додавання ферменту. Також елементи такої тест-системи мають різні режими зберігання. Розхід витратних матеріалів є меншим. Перевагою є те, що реакційна суміш знаходиться під шаром парафіну, а це зберігає її чутливість та реакційність.
Тест-системи з готовою реакційною сумішшю зберігаються при вищій температурі (2 – 8°C), а компоненти не потребують заморожень. Також відсутній вплив людського фактора, реакційність та чутливість не залежать від кількості постановок. Хоча такі тест-системи зазвичай чутливі до високої вологості. При використанні таких тест-систем потрібна мала кількість обладнання та розхідних матеріалів
Підсумовуючи, тепер ви знаєте на що важливо звернути увагу при виборі реактивів для ПЛР, як для виділення, так і для амліфікації; також який метод виділення обрати, та що обладнання для ампліфікації тісно пов'язане з тест-системами; плюси та мінуси різних реакційних сумішей; та що можна зекономити, якщо вибирати мультикомплексні набори.
Виникли запитання або потрібна консультація спеціаліста?
Пишіть або телефонуйте, ми завжди раді Вам допомогти
コメント